Po zwycięstwie nad Odrą Wodzisław, podopiecznych Motulewicza czekał wyjazd do Krakowa, na mecz z tamtejszą Cracovią. Na mecz pofatygowało się 3244 kibiców, a mecz sędziował Jacek Granat. Od samego początku meczu Lech przewarzał i tworzył sobie okazje podbramkowe. Zwycięstwo 0-3 (Murawski 2x Lewandowski) dało awans na 3 pozycję w ligowej tabeli. Liderem została Polonia Warszawa.

Następny mecz Kolejorz rozgrywał na własnym stadionie, z Jagiellonią Białystok. Dla gospodarzy powinien być to spacerek (wg bukmacherów). ''Jaga'' została przyparta do muru a wynik 2-0 (Lewandowski, Stilić) w pełni nie odzwierciedla przebiegu spotkania.

Ostatni mecz fazy grupowej PE, Lechici rozgrywali na terenie Arki Gdynia. Sytuacja była prosta, kto wygra ten awansuje dalej. Awans Arki przyszło zobaczyć 4,8 tys. kibiców, a 200 kibiców Lecha też przyjechało zobaczyć awans swojego klubu. Mecz potoczył się zgodnie z oczekiwaniami gości i wygrali oni 0-2 (2x Stilić).

Przedostatni ligowy mecz 2009 roku, Lech rozgrywał nad morzem. A dokładnie w Gdańsku z tamtejszą Lechią. Gospodarze liczyli się w walce o europejskie puchary. Na mecz przyszło 8469 kibiców. Niestety Kolejorz nie przewarzał, a Lechia wygrała sensacyjnie 1-0.