Jeżeli zrobiłeś wszystko prawidłowo i te foldery utworzyły się u ciebie na dysku D to gra nie powinna mieć problemu z odczytaniem grafiki.
Może spróbuj jeszcze raz instrukcja po polsku.

- utwórz nowy folder tam gdzie chcesz
- otwórz Steam, kliknij prawym na grę Football Manager 2016 i wybierz Właściwości
- kliknij Ustaw opcje uruchamiania
- wyskoczy okienko, wpisz: --user_data_location="path" (wszystko po znaku: łącznie ze spacją)
- w miejsce "path" wpisz ścieżkę gdzie masz folder
u ciebie powinno to wyglądać tak --user_data_location="D:\Football Manager 2016"
- klikasz ok
- uruchamiasz grę i w twoim wybranym folderze utworzy ona potrzebne foldery (games, graphics, skins, editor data, tactics etc.) wrzucasz do folderu graphics swoją grafikę, nie musisz ponownie uruchamiać gry, wystarczy że wejdziesz w ustawienia i odświeżysz skórkę.
U mnie ten sposób działa bez problemu.